Aegisub

Es el programa principal para subtitular animes, es multiplataforma, con Aegisub puedes agregar los llamados efectos de karaoke que vemos en la mayoría de los animes, letras que aparecen y desaparecen, que giran, etc, eso si, Aegisub no implementa los efectos por si mismo, se aplican por medio de lenguajes de scripts (LUA), por lo que tienes que aplicarlos tu mismo o por medio de un programa externo (Crumja), ademas de personalización de estilos de fuentes, como que cada personaje cuente con su estilo propio y colores de diálogos

Subtitle Edit

Para Windows, también se puede usar en Linux por medio de Wine, cito este programa ya que con el podemos extraer un formato de subtítulos presente en los DVD llamado VOB y los SUB del Blue Ray, que son algo así como imágenes estáticas, este programa los extrae por medio de técnicas OCR y los convierte en texto al formato que queramos .srt ssa ass etc.

Ademas ahorra tiempo para la traducción ya que hace uso de la API del traductor de Google, con la ventaja de mostrar en pantalla ambos subtítulos, tanto el original como el traducido, la traducción no es perfecta por lo que hay echarle mano para pulirla, aun así se ahorra muchísimo tiempo si tienes que comenzar la traducción desde cero.

También cuenta la capacidad de sincronizar subtítulos aunque esto no lo he probado.

Subtitle Workshop 2.51

Software de origen uruguayo, en los 2000s seguramente fue la primera opción de muchos para subtitular, lo que tenia especial este software era la capacidad de sincronizar los subtítulos hechos para sistemas de PAL a NTSC y viceversa, algo que no tenia otros programas pero lamentablemente se perdió en la versiones posteriores, lo malo es que no respetaba el formato ssa, ya que si tenias estilos guardados, el programa te los borraba.

Actualmente hay nueva una versión en pruebas aunque no he tenido la oportunidad de probarlo.